民国时期
医院创建于民国26年（1937年），时为私人诊所，称遂安惠东医院，院址设于遂安县狮城镇（县城）西大街“聚笏堂”民房内，由毛培基任院长，有医务人员4名。
民国29年（1940年），遂安县当局商请毛培基改组为公办，称遂安县卫生院，迁至城北大街（西庙）6号。时有医职人员10人，其中院长毛培基、医生章澍周与王在中、药剂方国纲、护士吴利华、会计员沈文炎、助产士沈佩珍、卫生员赵志良、事务员姚家勋、挂号员姜得生。每日门诊量四人。
民国32年1月（1943年1月），毛培基辞去院长职务（至江西上饶的国军长官司令部任少校军医），由章澍周接任院长之职，时有医职人员12人。
民国35年5月（1946年5月），章澍周辞职，前往杭州行医，县长高德中委派遂安县中学化学老师陈瑞华接任院长之职，时有医职人员9人。次年1月由吴维衡任院长，直至遂安解放。
中华人民共和国成立后
1949年5月4日，遂安解放。6月遂安县人民政府接管卫生院，借用王家茶坊（茶厂）一幢约150m2平房的厂房，称遂安县人民政府卫生院，行使卫生行政管理和医疗卫生防疫职能，由县人民政府派遣指导员徐洪昌负责医院全面工作，时有医职人员6人，其中医务人员3人。
1953年6月13日，遂安县人民政府卫生院实有职工38名，床位数26张。
1955年6月2日，浙江省卫生厅卫医（55）第789号文件通知，遂安县人民政府卫生院定为四等县卫生院。
1956年7月1日改称遂安县人民医院，成为全县的医疗中心。
1958年建造新安江水库，10月28日撤销遂安县建制，合并为淳安县。翌年春，原遂安县人民医院迁址于姜家二幢屋（今姜家镇狮石路16号）。
1959年5月11日易名为淳安县第二人民医院。是年6月28日撤销，大部分设备、人员并入淳安县人民医院，其余并入汾口公社卫生所。所址位于汾口黄家庙，时有卫技人员15人，简易病床4张。
1961年9月20日，自汾口黄家庙迁至杨旗坦(今汾口镇湖塘路16号)，改称汾口区卫生院。
1972年10月恢复淳安县第二人民医院建制，时有医职人员46人，其中卫技人员39人
1973年，县革委会批准：姜家公社卫生所人员及设备并入县第二人民医院。
1980年9月，省卫生厅正式批准为县级医院建制,并于1987年核定床位150张(目前实际开放病床123张)。
1993年9月，浙卫[1993]344号文件批复淳安县第二人民医院为省一级乙类医院。
1996年12月19日，省卫生厅下达《关于医院级别套用国家等级标准的通知》，县二医院自此由一级乙类改为二级丙类医院。
2000年11月9日，淳政发［2000］159号文件批复：同意汾口镇卫生院并入县二医院。11月28日，撤并工作正式开始，按文件精神，原汾口镇卫生院职工28人全部并入县二院，其身份不变。是年底，全院共有职工191人，其中卫技人员140人（高级4人、中级职称36人），设有内科、外科、骨科、妇产科四大病区，11个医技科室。
2006年1月20日，浙卫发［2006］16号文件通过我院二级乙等综合性医院评审。
是年，完市卫生院、龙川卫生院、界川卫生院、横沿卫生院、百亩畈卫生院先后并入我院，分别设置为农村公共卫生服务站，为辖区村庄提供卫生服务。
截止2006年底有职工191人，其中卫技人员171人，设有内科、外科、骨科、妇产科四大病区，辅助科室近20个。
